Bosque de ribera y prados de fondo
Situado en una cota cercana a los 1.200 metros de altitud. El bosque de ribera o de galería, es el que recorre todo el curso del río, encontrándose tanto especies sumergidas como alejadas algunos metros; pero ambas con gran necesidad de humedad.
En este tramo del río está muy bien conservado su bosque de ribera, en el que podemos encontrar:
Sauces (Salix sp.), fresnos (Fraxinus angustifolia), que originalmente ocupaban los terrenos más fértiles del fondo de valle. En la actualidad es característico observar en el valle, fresnos formando lindes de prados y huertas, así como adehesados, con tronco de pequeña altura y parte superior ensanchada. Esto es debido a la técnica del “trasmochado” o “desmochado”, que consiste en podar ramas jóvenes con el fin de que sirvan de alimento para el ganado. Y chopos temblones (Populus tremula), muy utilizados antaño por los monjes Benedictinos del Paular en su molino para obtener pasta de papel, acompañados de tilos (Tilia platyphyllos), cuyos frutos se recolectan para la preparación de infusiones y olmos (Ulmus minor), con una madera muy resistente a la humedad, que servía para las piezas sumergidas de los molinos. Acompaña también una gran diversidad de arbustos como majuelos (Crataegus monogyna), endrinos (Prunus spinosa) y retamas (Cytisus scoparius), que también tenían una utilidad para los habitantes del valle (medicinal, alimenticio o doméstico), que aún hoy perdura aunque no con tanta importancia.
El abandono de los pastos y de la huertas, dio lugar al desarrollo de las zarzas (Rubus sp.) y rosales silvestres (Rosa sp.).
En estos prados de fondo es donde se sitúan la mayoría de los pueblos, así como el embalse de Pinilla, de reciente construcción (inaugurado en 1967)
En esta parte del valle podemos encontrar también una fauna característica, dentro de las aves tenemos: cigüeña blanca (Ciconia ciconia), que anida en los viejos fresnos o en los campanarios de las iglesias. El milano real (Milvus milvus) y milano negro (Milvus migrans), que junto con el ratonero (Buteo buteo), están al acecho desde lo alto de los prados, en busca de roedores y pequeños animales. También encontramos gran cantidad de paseriformes
Dentro de los anfibios es muy frecuente la escasa ranita de San Antonio (Hyla arborea), que se encuentra en las charcas con abundante vegetación por la que puede trepar. La salamandra (Salamandra salamandra), que aunque en la Sierra de Guadarrama se encuentra en las zonas montañosas (pinares umbríos), a partir de 1.800 metros; aquí podemos encontrarla en los abedulares de media altura donde la humedad se mantiene casi todo el año, saliendo principalmente por la noche. El tritón jaspeado (Triturus marmoratus), inactivo en invierno y más activo en verano, de hábitos nocturnos.
En las cristalinas aguas de los arroyos y ríos del valle vive la trucha común (Salmo trutta), el cacho (Squalius pyrenaicus), la boga (Chondrostoma polylepis), que es un endemismo del centro-oeste de la Península Ibérica; lucio (Exos lucius), que puede llegar a medir más de un metro de longitud y con sus grandes dientes, en la etapa adulta se alimenta de peces. Fue introducida en España en 1949. Encontramos además el gobio (Gobio gobio), es una especie de fondo, introducida en la península Ibérica, que realiza pequeños desplazamientos en la época de reproducción.
Es relativamente abundante una especie introducida que es el visón americano, que compite con la nutria (Lutra lutra), catalogada como especie en peligro de extinción.
Un grupo muy importante en el valle son los reptiles, que con la llegada de las altas temperaturas, es fácil observarlos entre las piedras y muros soleados de los prados del fondo, aunque también se encuentran en mayores altitudes. Los principales representantes son el lagarto ocelado (Lacerta lepida), muy extendido por toda la Península Ibérica y el lagarto verdinegro (Lacerta schreiberi), que se extiende por el noroeste y por el reborde montañoso de la meseta norte; además de la lagartija ibérica (Podarcis hispanica).
Robledal
El siguiente piso de vegetación está mucho más extendido y corresponde con la franja que va desde 1.200 metros hasta los 1.700 metros de altitud. De forma natural encontramos densos bosques de roble melojo (Quercus pyrenaica), entremezclados con acebos (Ilex aquifolium), abedules (Betula alba) y tejos (Taxus baccata) en lugares poco soleados.
Pero la intervención del hombre ha modificado enormemente este piso de vegetación, debido sobre todo a tres usos: el ganadero, que ha supuesto un aclarado o adehesado del bosque para la obtención de pastos; el carboneo, para la obtención de carbón vegetal y leña, que ha producido en algunas zonas del melojar un porte arbustivo debido a las talas sucesivas; y las repoblaciones de pino silvestre (más rentable económicamente), relegando al roble a zonas más bajas.
En zonas de degradación del melojar (por incendios, explotación abusiva, etc.), nos aparecen otras especies que le sustituyen: brezo (Erica sp.) en los lugares más húmedos, el cambroño (Adenocarpus hispanicus) y retama (Cytisus scoparius).
Entre los densos cambronales podemos adivinar la presencia del jabalí (Sus scrofa), por las hozaduras que deja en sus correrías nocturnas buscando alimento: raíces, bellotas, frutos...
En lo más escondido del bosque de robles encontramos al huidizo corzo (Capreolus capreolus) y al ruidoso arrendajo (Garrulus glandarius). También por la noche oímos el canto lúgubre del cárabo común (Strix aluco) y las andanzas del tejón (Meles meles), del erizo (Erinaceus europaeus) y del zorro (Vulpes vulpes).
Pinar
El siguiente piso de vegetación que encontramos en el valle del Lozoya es el pinar de pino silvestre o albar (Pinus sylvestris), que de forma natural se extendería desde los 1.700 metros hasta los 2.100, pero actualmente se encuentran a los 1.400 metros, debido a una importante explotación maderera del valle. Es fácil saber qué zonas han sido ganadas al roble, ya que en ellas se encuentran helechos comunes (Pteridium aquilinum), que es una especie típicamente indicadora de bosques originales de roble.
Además el hombre ha relegado al pino en las zonas altas para el aprovechamiento de prados de altura, donde estará el ganado durante el verano; y para el ocio, como ocurre en las zonas de las estaciones de esquí, aunque gran parte de una de las estaciones ya se ha recuperado al ser desmantelada.
En las partes bajas del pinar nos aparecen además de los helechos, los enebros rastreros (Juniperus communis), la retama blanca (Genista florida), el cantueso (Lavandula stoechas), la verónica (Veronica officinalis) y la violeta de Rivin (Viola riviniana).
A lo largo del bosque es común encontrarse las piñas comidas por las ardillas (Sciurus vulgaris), aunque más difícil es verlas saltar de una rama a otra. También desde lo alto del valle nos divisa una de las aves carroñeras más importantes del valle: el buitre negro (Gyps monachus), que establece su gigantesco nido en las copas de los pinos más robustos e inaccesibles de las zonas altas del valle; junto a él y aunque no anida en el valle, podemos ver el majestuoso buitre leonado (Gyps fulvus), que sobrevuela el valle procedente de Segovia y La Pedriza.
Hay otras aves más pequeñas como: el piquituerto (Loxia curvirostra), que ha adaptado su pico para partir los piñones; además del pico picapinos (Dendrocops major), que trepa por los troncos a saltitos produciendo un peculiar tamborileo.
Piornal y la pradera de alta montaña
Es la zona del valle menos modificada por el hombre, se sitúa por encima de los 2.100 metros de altura y donde las difíciles condiciones meteorológicas, impiden el desarrollo de otras especies. Aparece una formación vegetal arbustiva y herbácea (en mayor proporción), dispersándose cada vez más el pino y disminuyendo su porte.
La especie dominante es el piorno serrano (Cytisus balansae), además encontramos cambroños (Adenocarpus hispanicus) y enebros rastreros (Juniperus communis), en la mayor proporción hasta ahora en todas las zonas del valle.
Como especies herbáceas destacan: el “rompebarrigas” (Festuca indigesta), y la (Agrostis truncatula), que son gramíneas muy importantes en la defensa del suelo de las praderas de alta montaña.
En estas zonas es donde campea el buitre negro y leonado en busca de carroña. También la ruidosa chova piquirroja (Pyrrhocorax pyrrhocorax) es frecuente en afloramientos rocosos de Peñalara.
Al llegar la primavera y retirarse las nieves de las montañas, es el momento de poder observar la lagartija serrana (Lacerta monticola), un endemismo ibérico, que en el Sistema Central se distribuye desde Peñalara hasta Somosierra.